Ciò che distingue la microscopia acustica è la sua capacità di effettuare ispezioni non distruttive delle superfici e delle strutture interne dei campioni, come quelle dei lingotti utilizzati nella produzione di wafer e sistemi MEMS. In scenari in cui i microscopi a infrarossi o a raggi X hanno raggiunto i propri limiti, i microscopi ad ultrasuoni possono rivelare in modo affidabile la qualità interna anche di campioni opachi.